Die Pepelower Wiesen sind ein Polder, dessen Deiche in den 1990ern geschlitzt wurden. Eine in der Planungsphase durch die Stiftung Umwelt- und Naturschutz in Auftrag gegebene Polderstudie zeigt aber noch erheblichen naturschutzfachlichen Verbesserungsbedarf auf. Die Torfe der Polder werden durch periodisch eindringendes Salzwasser nicht hinreichend feucht gehalten. Sie haben sich auch unter dem Einfluss von landseitig in den Polder einfließendes Süßwasser gebildet, das durch das bestehende Grabensystem durch den Polder durchgeleitet wird. Hier könnten Gräben angestaut werden, um die Moorschrumpfung wieder in ein Moorwachstum zu verwandeln. So würde zusätzlicher Kohlenstoff eingelagert und der Klimawandel gebremst. Gleichzeitig würde das Festland aufwachsen. Würde auch der Deich zurückgebaut, könnte dieser Aufwuchs durch den Eintrag von Sedimenten aus der Ostsee noch erhöht werden und so vielleicht mit dem Meeresspiegelanstieg mithalten. 

Die Flächen, die auf absehbare Zeit trotz Meeresspiegelanstieg weiter bewirtschaftet werden können, sollen zu artenreichen Salzwiesen entwickelt werden. Da die Stiftung als Projektträger jedoch in den Pepelower Wiesen über sehr wenig Flächeneigentum verfügt, müssen die Maßnahmen in Zusammenarbeit mit Flächenbesitzern und -nutzern umgesetzt werden.

Außerdem setzt sich die Stiftung am Salzhaff für die Ausweisung eines Naturschutzgebietes ein, um eine rechtliche Handhabe bei Verstößen gegen die zwischen Naturschutzverbänden und -behörden sowie Wassersportlern ausgehandelte freiwillige Vereinbarung zu haben, die zum Beispiel eine wassersportliche Nutzung wichtiger Vogelrastgebiete ausschließt.